Formation "Analyse bioinformatique de séquences pour l'amélioration des plantes" - Février 2013

Lundi 4 février:

• 9h-12h : introduction, plateforme Southgreen, environnement Galaxy.

Félix Homa, Manuel Ruiz, Jean-François Dufayard, Dominique This.

Introduction aux NGS et à la plateforme SouthGreen

Cours d'introduction à Galaxy (Formation_Galaxy_fevrier.pdf)

• 13h30-16h30 : traitement des données NGS, formatage, mapping et assemblage.

Gautier Sarah, François Sabot, Jean-François Dufayard, Dominique This.

Support de cours (Notes_TD1.pdf)

Support de TD (Protocole TD1-1.pdf)

• 16h30-17h : mise en perspective, workflows et traitement de données NGS.

Gautier Sarah, François Sabot, Jean-François Dufayard, Dominique This.

Mardi 5 février:

• 9h-12h : traitement des données NGS, formatage, mapping et assemblage (suite).

Gautier Sarah, François Sabot, Jean-François Dufayard, Dominique This

(Supports de la veille)

• 13h30-16h : Recherche et analyse de polymorphismes, SNP.

Alexis Dereeper, François Sabot, Jean-François Dufayard, Dominique This.

Support de cours (cours_polymorphisme.ppt)

Support de TD (TD_polymorphisme.doc)

Application Tablet sous Java WebStart

• 16h30-17h : mise en perspective, polymorphisme et sélection.

Alexis Dereeper, François Sabot, Jean-François Dufayard, Dominique This.

Mercredi 6 février:

Pour ceux qui désirent se mettre en jambes 2 cours d'e-learning sont disponibles (fonctionne uniquement sous PC, ou sur Apple en utilisant Google Chrome comme navigateur Internet):

1. Genomique Annotation 
2. Comparative Genomics 

• 9h-12h : annotation des éléments transposables.

François Sabot, Gaetan Droc, Jean-François Dufayard, Dominique This.

Support de cours et de TD

Application Artemis sous Java WebStart

Application Gepard Dotter sous Java WebStart

• 13h30-16h : annotation de gènes.

Gaetan Droc, Franc-Christophe Baurens, Olivier Garsmeur, Dominique This.

Support de cours (annotation_genes.ppt)

Support de TD (annotation_genes_2013.pdf)

• 16h30-17h : mise en perspective, annotation.

Gaetan Droc, Franc-Christophe Baurens, Olivier Garsmeur, Dominique This.

Jeudi 7 février

• 9h-12h : Prédiction de structures 3D de protéines

Frédéric de Lamotte, Jean-François Dufayard, Dominique This.

Support de cours (cours_structures3D.pdf)

Support de TD (TD_structures3D.pdf)

Logiciel PyMoL (PyMol.zip)

Séquence d'entrée du TD

• 13h30-16h : Analyse phylogénétique, orthologie et paralogie.

Jean-François Dufayard, Dominique This.

Support de TD (phylogenie.doc)

Support de cours condensé (phylogenie.ppt)

Support de cours plus complet sur les familles de gènes

Installeur Seaview4 (visualisateur et éditeur d'alignements multiples)

Installeur Dendroscope (visualisateur et éditeur d'arbres)

• 16h30-17h : mise en perspective, génomique et protéomique comparative.

Frédéric de Lamotte, Jean-François Dufayard, Dominique This.

Vendredi 8 février

• 9h-16h30 : Mise en autonomie, sur un sujet pré-établi, ou sur des données amenées par les formés

La journée sera encadrée par un roulement de l'ensemble des formateurs de la semaine.

• 16h30-17h : Bilan final de la formation.

Jean-François Dufayard, Dominique This.

• Franc-Christophe Baurens (chercheur CIRAD). 

• Frédéric de Lamotte (DR INRA). 

• Alexis Dereeper (IE IRD). 

• Gaétan Droc (chercheur CIRAD). 

• Jean-François Dufayard (chercheur CIRAD), responsable pédagogique. 

• Olivier Garsmeur (chercheur CIRAD). 

• Félix Homa (ingénieur CIRAD).

• Manuel Ruiz (chercheur CIRAD), responsable de la plateforme Southgreen.

• François Sabot (CR IRD). 

• Gautier Sarah (IE INRA). 

• Dominique This (MdC SUPAGRO), responsable pédagogique.