Trainings in Ouagadougou, Burkina Faso: Bioinformatics and NGS analyses (nov 2016)

Lundi 14 Novembre:

General Introduction

• 9.00 - 13.00 : Introduction aux technologies NGS

Cours (pdf)

Dominique Brunel

• 14.00 - 17.00 : Introduction à la bioinformatique appliquée à la génomique

Cours (pdf)

Christine Tranchant

Mardi 15 Novembre:

• 9.00 - 13.00 : Initiation à l'environnement Galaxy

Application à la recherche de microsatellites et définition de primers

Cours - TD (pdf)

Alexis Dereeper

• 14.00 - 17.00 : Guide de survie à Linux

Principales commandes Linux pour mener ses analyses bioinformatiques

Cours - TD (pdf)

Pense-bête 1

Pense-bête 2

Christine Tranchant

Mercredi 16 Novembre:

• 09.00 - 13.00 : Guide de survie à Linux (Suite)

Principales commandes Linux pour mener ses analyses bioinformatiques

Christine Tranchant

• 14.00 - 17.00 : Application à la phylogénie

Cours (pdf)

Dataset pour TD

Frédéric Mahé

Jeudi 16 Novembre:

• 09.00 - 13.00 : Introduction à l'analyse de données NGS (des données brutes au mapping)

Cours (pdf)

TP (pdf)

Dataset pour TP

Solutions

Christine Tranchant, Alexis Dereeper

• 14.00 - 17.00 : Analyse de données RNA-Seq

Cours - TD (pdf)

Alexis Dereeper

Métagénomique/barcoding (métagénomique ciblée et shotgun) (cours)

Cours (pdf)

Frédéric Mahé

Vendredi 17 Novembre:

• 09.00 - 13.00 : Analyse de variants génétiques (SNPs, indels) et GWAS (cours)

Cours (pdf)

Christine Tranchant, Alexis Dereeper

TD atelier SNP (pdf)

• Alexis Dereeper (IE IRD). 

• Christine Tranchant (IE IRD). 

• Frédéric Mahé (chercheur CIRAD).