Formation (04-09/02/2011) ; Analyse bioinformatique de séquences pour l'amélioration des plantes

 

Contenu post-formation

Notes de formation, écrites par Emmanuel Reclus et Jérémy Guinard, et corrigée et amendée par l'équipe des formateurs.

Liste des outils, utilisés lors de la formation, avec les informations de format entrée/sortie, et de paramétrage.

Lundi 6 février:

  • http://www.southgreen.fr/sites/southgreen.fr/files/color/garland-a476def...); background-position: 1px 0.35em; background-repeat: no-repeat no-repeat; ">9h-12h : introduction, plateforme Southgreen, environnement Galaxy.

Manuel Ruiz, Jean-François Dufayard, Dominique This.

Introduction aux NGS et à la plateforme SouthGreen

Cours d'introduction à Galaxy (Galaxy_0.ppt)

  • http://www.southgreen.fr/sites/southgreen.fr/files/color/garland-a476def...); background-position: 1px 0.35em; background-repeat: no-repeat no-repeat; ">13h-16h : traitement des données NGS, formatage, mapping et assemblage.

Gautier Sarah, François Sabot, Jean-François Dufayard, Dominique This.

Support de cours (cours_assemblage.pdf)

Support de TD (TD_assemblage.pdf)

Data sets: raw datacleaned datasam data,

  • http://www.southgreen.fr/sites/southgreen.fr/files/color/garland-a476def...); background-position: 1px 0.35em; background-repeat: no-repeat no-repeat; ">16h-17h : mise en perspective, workflows et traitement de données NGS.

Gautier Sarah, François Sabot, Jean-François Dufayard, Dominique This.

Mardi 7 février:

  • http://www.southgreen.fr/sites/southgreen.fr/files/color/garland-a476def...); background-position: 1px 0.35em; background-repeat: no-repeat no-repeat; ">9h-12h : traitement des données NGS, formatage, mapping et assemblage (suite).

Gautier Sarah, François Sabot, Jean-François Dufayard, Dominique This

(Supports de la veille)

  • http://www.southgreen.fr/sites/southgreen.fr/files/color/garland-a476def...); background-position: 1px 0.35em; background-repeat: no-repeat no-repeat; ">13h-16h : Recherche et analyse de polymorphismes, SNP.

Alexis Dereeper, François Sabot, Jean-François Dufayard, Dominique This.

Support de cours (cours_polymorphisme.ppt)

Support de TD (TD_polymorphisme.doc)

Application Tablet sous Java WebStart

  • http://www.southgreen.fr/sites/southgreen.fr/files/color/garland-a476def...); background-position: 1px 0.35em; background-repeat: no-repeat no-repeat; ">16h-17h : mise en perspective, polymorphisme et sélection.

Alexis Dereeper, François Sabot, Jean-François Dufayard, Dominique This.

Mercredi 8 février:Pour ceux qui désirent se mettre en jambes 2 cours d'e-learning sont disponibles (fonctionne uniquement sous PC, ou sur Apple en utilisant Google Chrome comme navigateur Internet):

  1. Genomique Annotation 
  2. Comparative Genomics 
  • http://www.southgreen.fr/sites/southgreen.fr/files/color/garland-a476def...); font-size: 16px; background-position: 1px 0.35em; background-repeat: no-repeat no-repeat; ">9h-12h : annotation des éléments transposables.

François Sabot, Gaetan Droc, Jean-François Dufayard, Dominique This.

Support de cours et de TD (annotation_transposables.pdf)

Application Artemis sous Java WebStart

Application Gepard Dotter sous Java WebStart

  • http://www.southgreen.fr/sites/southgreen.fr/files/color/garland-a476def...); background-position: 1px 0.35em; background-repeat: no-repeat no-repeat; ">13h-16h : annotation de gènes.

Gaetan Droc, Franc-Christophe Baurens, Olivier Garsmeur, Dominique This.

Support de cours (annotation_genes.ppt)

Support de TD (annotation_genes.doc)

  • http://www.southgreen.fr/sites/southgreen.fr/files/color/garland-a476def...); background-position: 1px 0.35em; background-repeat: no-repeat no-repeat; ">16h-17h : mise en perspective, annotation.

Gaetan Droc, Franc-Christophe Baurens, Olivier Garsmeur, Dominique This.

Jeudi 9 février

  • http://www.southgreen.fr/sites/southgreen.fr/files/color/garland-a476def...); background-position: 1px 0.35em; background-repeat: no-repeat no-repeat; ">9h-12h : Prédiction de structures 3D de protéines

Cécile Fleury, Frédéric de Lamotte, Jean-François Dufayard, Dominique This.

Support de cours (cours_structures3D.pdf)

Support de TD (TD_structures3D.pdf)

Logiciel PyMoL (PyMol.zip)

  • http://www.southgreen.fr/sites/southgreen.fr/files/color/garland-a476def...); background-position: 1px 0.35em; background-repeat: no-repeat no-repeat; ">13h-16h : Analyse phylogénétique, orthologie et paralogie.

Jean-François Dufayard, Cécile Fleury, Dominique This.

Support de TD (phylogenie.doc)

Support de cours (phylogenie.ppt)

Installeur Seaview4 (visualisateur et éditeur d'alignements multiples)

Installeur Dendroscope (visualisateur et éditeur d'arbres)

  • http://www.southgreen.fr/sites/southgreen.fr/files/color/garland-a476def...); background-position: 1px 0.35em; background-repeat: no-repeat no-repeat; ">16h-17h : mise en perspective, génomique et protéomique comparative.

Cécile Fleury, Frédéric de Lamotte, Jean-François Dufayard, Dominique This.

  • http://www.southgreen.fr/sites/southgreen.fr/files/color/garland-a476def...); background-position: 1px 0.35em; background-repeat: no-repeat no-repeat; ">Franc-Christophe Baurens (chercheur CIRAD). 

Email: franc-christophe.baurens -at- cirad.fr

  • http://www.southgreen.fr/sites/southgreen.fr/files/color/garland-a476def...); background-position: 1px 0.35em; background-repeat: no-repeat no-repeat; ">Frédéric de Lamotte (DR INRA). 

Email: lamotte -at- supagro.inra.fr

  • http://www.southgreen.fr/sites/southgreen.fr/files/color/garland-a476def...); background-position: 1px 0.35em; background-repeat: no-repeat no-repeat; ">Alexis Dereeper (IE IRD). 

Email: alexis.dereeper -at- ird.fr

  • http://www.southgreen.fr/sites/southgreen.fr/files/color/garland-a476def...); background-position: 1px 0.35em; background-repeat: no-repeat no-repeat; ">Gaétan Droc (chercheur CIRAD). 

Email: gaetan.droc -at- cirad.fr

  • http://www.southgreen.fr/sites/southgreen.fr/files/color/garland-a476def...); background-position: 1px 0.35em; background-repeat: no-repeat no-repeat; ">Jean-François Dufayard (chercheur CIRAD), responsable pédagogique

Email: jean-francois.dufayard -at- cirad.fr

  • http://www.southgreen.fr/sites/southgreen.fr/files/color/garland-a476def...); background-position: 1px 0.35em; background-repeat: no-repeat no-repeat; ">Cécile Fleury (postdoc INRA). 

Email: cecile.fleury -at- supagro.inra.fr

  • http://www.southgreen.fr/sites/southgreen.fr/files/color/garland-a476def...); background-position: 1px 0.35em; background-repeat: no-repeat no-repeat; ">Olivier Garsmeur (chercheur CIRAD). 

Email: olivier.garsmeur -at- cirad.fr

  • http://www.southgreen.fr/sites/southgreen.fr/files/color/garland-a476def...); background-position: 1px 0.35em; background-repeat: no-repeat no-repeat; ">Manuel Ruiz (chercheur CIRAD), responsable de la plateforme Southgreen.

Email: manuel.ruiz -at- cirad.fr

  • http://www.southgreen.fr/sites/southgreen.fr/files/color/garland-a476def...); background-position: 1px 0.35em; background-repeat: no-repeat no-repeat; ">François Sabot (CR IRD). 

Email: francois.sabot -at- ird.fr

  • http://www.southgreen.fr/sites/southgreen.fr/files/color/garland-a476def...); background-position: 1px 0.35em; background-repeat: no-repeat no-repeat; ">Gautier Sarah (IE INRA). 

Email: gautier.sarah -at- supagro.inra.fr

  • http://www.southgreen.fr/sites/southgreen.fr/files/color/garland-a476def...); background-position: 1px 0.35em; background-repeat: no-repeat no-repeat; ">Dominique This (MdC SUPAGRO), responsable pédagogique

Email: dominique.this -at- supagro.inra.fr

 

Références bibliographiques sur l'analyses de données NGS et les génomes végétaux