Bioinformatique appliquée à l'analyse de séquences biologiques, 06-10 juin 2011

Ce module doit permettre de se familiariser avec quelques concepts et outils de bioinformatique appliquée au traitement des informations de séquençage massif, dans un objectif d’amélioration des plantes.
Au travers du traitement d’un exemple concret issu des données transcriptomiques, nous verrons comment transformer des données brutes de séquençage comparatif en des informations de qualité contrôlée. L'alignement et la comparaison des séquences entre génotypes permettront d’identifier des polymorphismes de séquence. Des polymorphismes de type SNP seront ensuite transformés en données de base pour la mise en œuvre d’un génotypage à haut débit et permettront de réaliser des reconstructions phylogénétiques. Nous élargirons l'analyse pour identifier et annoter manuellement la région du génome concernée et modéliser la structure 3D de séquences protéiques déduites.
Nous réfléchirons sur les utilisations possibles et les limites de cette démarche. Les concepts bioinformatiques qui sous-tendent les différentes étapes de cette étude seront présentés rapidement.
 

Durée de la formation
1 semaine

Public concerné
Chercheurs, ingénieurs, techniciens, thésards

Pré requis
C'est une formation plutôt orientée "outils intégrés" et a priori aucun prérequis en bioinformatique n'est nécessaire. En revanche les concepts de génomique associés sont supposés connus (méthodes de séquençage, génotypage haut débit, structures des gènes et protéines..).

Objectifs à atteindre
A l’issue de la formation, le stagiaire sera capable d’utiliser la plateforme Galaxy pour réaliser des analyses haut-débit sur des séquences de type NGS